En régime normal, le fournisseur facture la TVA et la reverse à l'État. En autoliquidation, la facture part sans TVA et c'est le client assujetti qui la déclare lui-même : la mention « Autoliquidation » doit figurer sur la facture.
Le cas le plus courant pour les TPE belges est le régime du cocontractant dans le bâtiment : les travaux immobiliers facturés à un assujetti qui dépose des déclarations périodiques partent en autoliquidation. On la retrouve aussi sur les prestations et livraisons intracommunautaires. Dans GestAccount, l'autoliquidation est un code TVA structuré qui s'applique ligne par ligne, avec la mention légale posée automatiquement.